Interesante artículo que nos ayuda a comprender el funcionamiento de la compilación y despliegue de las aplicaciones en ASP.NET 2.

http://www.west-wind.com/presentations/AspNetCompilation/AspNetCompilation.asp

Anexo una utilidad de West Wind que nos compila la aplicación de manera gráfica:
West Wind ASP.NET 2.0 Compiler Utility